增强行政单位预算监管与革新
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（一）预算编制的过程简单，时间较短，质量不高
部分事业单位没有设置完善的预算编制程序，导致预算编制人员的主观理解在预算编制过程中占据了主导地位，这也就难以保证预算编制的统一性标准。另外，预算编制是单位各项事业运行的起点，在整个单位的预算体系中发挥着重要的作用。目前大部分事业单位编制预算的时间都在一个月左右，这就使得预算项目指标不能得到充分的认证，缺乏预算编制的可信程度，使预算编制在初期就难以保证质量，后续的预算实施执行和监督工作也受到影响。
（二）单位内部财务管理制度不健全或执行不力
多数行政事业单位财务管理制度设立不全甚至缺失，有的即使有还是多年以前的，根本不能适合当今单位财务管理的需要。还有的单位制度比较健全，但没有得到严格贯彻执行，已订立的制度只是为了应付上级检查、考核工作业绩的需要，使内部控制制度名存实亡，失去了应有的刚性和严肃性。
（三）对预算执行结果缺乏考核
预算执行缺乏分析和考核，预算项目结束后，行政事业单位很少对预算执行情况进行后期的分析和评价。由于缺乏科学的考核意识，许多单位对“预算资金投向是否正确，资金使用效益如何，资产购置是否科学，资产配置或处置是否合理”等预算管理中的重要问题没有一个确切的了解，预算应有作用被削弱。另外，虽然一些单位的确存在相应的预算效果考核评价环节，但其考核形式大于内容，普遍存在着考核指标不明确、预算执行结果未与相关责任部门或人员的经济责任相挂钩等问题。
二、加强行政事业单位预算管理与部门预算改革的对策
（一）加强预算会计制度的改革
由于预算管理制度的改革，使得现行预算会计制度中的核算内容、核算方法等需要进一步改革，以适应部门预算、国库单一帐户、政府采购等改革的要求。部门预算要求反映部门所有的收入和支出，涵盖所有的预算资金。因此，反映预算执行情况的预算会计，也应以预算资金全貌为对象，不能有遗漏。其中，基建资金也应和其他资金一样一起编入部门预算，即部门预算应当涵盖包括基建预算收支在内的所有收支，真正反映综合预算。然而，由于基本建设财务有一定的特殊性，在行政事业单位会计制度中应增加相应的会计科目进行核算。细化预算编制到项目，也就是对收支适当的重新分类。因此，预算会计的会计科目应重新设计，明细核算应作相应调整。零基预算即预算一切从零开始，各类支出取消“基数加增长”的预算编制方法，按照预算年度所有因素和事项的轻重缓急程度重新测算每一科目和款项的支出需求。因此，采用零基预算方法，对预算会计信息提出了更高的要求，预算会计不仅要提供收支流量方面的信息，还要提供资产存量方面的信息，这对会计核算而言是新的挑战。国库单一帐户制度的实行，改变了预算资金的流转程序，所以，将使现行财政总预算会计和行政单位会计面临又一次改革。现行财政总预算会计收到财政收入、总预算会计向行政单位拨出经费、行政单位收到总预算会计拨人经费、行政单位向财政总预算会计上缴预算内外收入、行政单位向下级行政事业单位转拨经费等业务的发生及其会计核算都将发生根本性的改变。
（二）加强部门预算执行
为更有效保障预算资金的安全，在部门预算执行环节中应注意以下几点。①单位部门预算在单位负责人统一领导下，由财务部门组织执行。②预算年度开始后，预算草案批复前，结合预算草案，参照上一年同期的预算支出情况申请、安排支出。预算草案批复后，严格按照批复的预算执行。③按收入的来源渠道不同，正确区分收入类别，确保各项预算收入及时、足额实现，并依法按预算批复的经费科目、内容和程序等及时入账，不隐瞒不坐支。④严格执行批复的支出预算和规定的财务开支标准，建立健全资金的申请、拨付与使用管理制度，严格控制预算支出，努力提高资金使用效益。⑤单位所有经济合同应由财务部门审核，审核的主要内容是：合同内容是否符合国家和部门有关财经法律法规、规章；合同收支是否符合年度预算；合同内容是否有可能对本单位未来经济利益造成重大不利影响等。⑥严格遵守各项预算资金的使用管理及核算制度、办法规定。按规定的程序，办理各项支出，加强资金流转各环节的财务监督。
（三）加强预算考核和事后绩效评估
资产预算执行结束后，主管部门应对单位的预算执行情况进行全面分析和考核。预算结果考核既对此次预算项目执行情况进行评价和总结，也为此后预算项目的编制和申请提供参考。主管部门应参照预算对资产项目执行情况进行分析，考察是否存在预算超支或结余，并对预算资金使用效果、资产运行情况和配置效果等进行综合评价。实际执行情况与预算差别较大或资金使用效益不理想的要分析原因：是预算编制不科学还是预算执行不到位。同时，为了督促单位各部门认真对待预算编制和执行，预算执行情况的考核结果应指明责任单位或个人并与其业绩进行挂钩。