耕地占用税征收条例
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耕地占用税征收条例范文第1篇
关键词：民办高校 税收管理
0 引言
民办高校的的兴起，对弥补国家办学资金不足，解决不少适龄青年接受高等教育作出了突出的贡献，顺应了改革开放以来我国对发展大众化高等教育的需求，在《民办教育促进法》的推动下，更是迎来了民办教育的春天。许多民办高校对《民办教育促进法》中所确立的与公办学校具有同等的法律地位欢欣鼓舞，对税收优惠政策充满期待，但整整五年过去了，至今没有具体的政策，税收政策管理中存在的的问题不得不引起我们的重视和思考。
1 税收管理存在的问题
1.1 国家对民办高校缺乏统一的税收政策，税收管理明显滞后 民办高校在我国已有三十年发展历史，是一个集公益性与一定产业属性的经济实体，其单位性质在《民办教育促进法》中明确界定为“民办教育事业，是社会主义教育事业的组成部分”，属于非营利的公益事业单位。《民办教育促进法实施条例》第三十八条“捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策。出资人要求取得合理回报的民办学校享受的税收优惠政策，由国务院财政部门、税务主管部门会同国务院有关行政部门制定”，但整整五年过去了，至今此政策内容几乎空白，税收政策明显滞后于民办高校的发展，至今国家对民办高校没有形成统一明确的税收政策，也没有一套全国相对统一的税收具体实施的条款。
1.2 现有税收政策，有些条款与《民办教育促进法实施条例》存在政策差别 从目前与民办高校相关的税收政策来看，主要有[2004]第39号《财政部国家税务总局关于教育税收政策的通知》和[2006]第3号《关于加强教育劳务营业税征收管理有关问题的通知》，其他很多民办高校可能会涉及的税种，如企业所得税、房产税、城镇土地使用税、印花税、耕地占用税、契税、关税等，没有具体的单列的税收条款及政策解释。从税务主管部门层面讲，如真正将公办高校与民办高校作为同等法律地位，的确没有单独出台税收制度的必要，但问题是[2004]第39号《财政部国家税务总局关于教育税收政策的通知》中出现了政府举办与非政府举办之分，如第一条第五款“对政府举办的高等、中等和初等学校（不含下属单位）举办进修班、培训班取得的收入，收入全部归学校所有的，免征营业税和企业所得税”明显因办学主体不同适用不同的税收政策，显然与《民办教育促进法实施条例》第三十八条 “捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策”相矛盾。第十一条第十款“对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税”与《民办教育促进法实施条例》按是否合理回报来享受公办同等待遇也存在着政策差别。
1.3 税收政策概念模糊，管理滞后，全国各地执行不一 尽管[2006]第3号《关于加强教育劳务营业税征收管理有关问题的通知》对[2004]第39号文件作了补充，进一步将“政府举办的高等、中等和初等学校”明确为“从事学历教育的学校”，界定为“普通学校以及经地、市以上人民政府或者同级政府的教育行政部门批准成立、国家承认其学员学历的各类学校”，并明确“上述学校均包括符合规定从事学历教育的民办学校”，较好地进行了修整，但有些概念还较模糊，如对[2004]第39号第一条款“对从事学历教育的学校提供教育劳务收入，免征营业税。”以上可理解为：由于学校从事学历教育，因此产生的承认学历教育的学费收入免征营业税。也可理解为：只要是举办学历教育的学校，相关的学费收入、住宿收入、非营利性质的就餐收入、罚款收入、培训收入都可称为“从事学历教育的学校提供教育劳务收入”，都可以享受免征营业税优惠。对[2004]第39号第十一条第十款“对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税”，而民办高校期盼的是能及早明确取得合理回报与否的税收政策，及早确定举办方与学校方的利益分配关系，但税务部门没有单行规定对出资人要求取得合理回报的民办学校的税收政策，这样易被理解为对出资人要求取得合理回报的民办学校的税收优惠，当前和公办学校、出资人不要求取得合理回报的民办学校适用统一的税收优惠，今后有关部门制定了相关规定，出资人要求取得合理回报的民办学校再按照新的税收政策执行。但这种理解是缺乏政策依据的，而且对促进民办高校的公益性是不利的。
2 税收管理建议
2.1 明
确会计制度 《民间非营利组织会计制度》的组织实施，从理论上结束了民办高校没有统一的会计制度的尴尬，按照有关规定，民办学校应采用《民间非营利组织会计制度》，但由于《民间非营利组织会计制度》适用组织还需具备以下特征：该组织不以营利为宗旨和目的；资源提供者向该组织投入资源不得取得经济回报；资源提供者不享有该组织的所有权。但民办学校出资人对其出资部分享有所有权和允许从办学结余中提取"合理回报"的政策都与《民间非营利组织会计制度》中的这些规定不符，在实际操作中，有的民办高校执行民间非营利组织会计制度，有的执行企业会计制度，有的执行高校会计制度，因此国家财政部门首先应明确民办高校适用的会计制度，会计制度一经确定，不得随意变更。在确定了会计制度后，才能确认收入、支出，从而确定应纳税所得额，否则会因为会计基础的不同，可以列支费用的项目不同，而使应纳税所得额缺乏核算标准，从而使纳税额不能正确申报征收。
2.2 明确“合理回报” 按照民办教育促进法实施条例第38条规定“不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策”，那么意味着民办学校如需合理回报，在涉及“合理回报”上的税收，应有所区别。在明确了会计制度以后，应界定何谓“合理回报”，然后按是否合理回报制定税收政策。资本是有货币时间价值的，合理回报是否可按实际投入资本的一定比例计算，最高不得超过同期银行一年期贷款利率。如当年遇银行调整贷款利率，则应按日计算加权平均贷款利率。换言之，此回报仅仅是弥补了出资额的货币时间价值，非真正意义上的回报。然后按是否合理回报来确定涉及此回报的相关税种——企业所得税、个人所得税。
2.3 遵循《民办教育促进法》精神，明确具体税收政策 在明确了会计制度和“合理回报”后，税务部门就可以遵循《民办教育促进法》精神，明确具体税收政策，及时出台各项税收优惠政策，真正发挥《民办教育促进法》促进作用，发挥税收有效的杠杆作用。当把合理回报界定为实际投入资本的一定比例计算，此比例最高不得超过同期银行一年期贷款利率时，建议按是否合理回报具体制定税收政策。
耕地占用税征收条例范文第2篇
所谓绿色税收，就是为了保护环境，合理开发利用资源，推进清洁生产，实现绿色消费而征收的税收或税收体系。包括狭义和广义两个范畴，狭义的绿色税收即实现保护环境目的而专门征收的环境税，广义的绿色税收则包括对环境保护起作用的税收体系和收费。21世纪的税制不再是以经济增长即GDP为中心而是以可持续发展为核心的税制。与此同时，税收的效率原则和公平原则也将发生内涵上的改变。传统的效率原则体现在税收有利于GDP或人均国民收入的提高，但在可持续发展思想的指导下，税收效率应体现在经济社会的全面进步上，换句话说，要考虑税收的生态效率。传统的税收公平原则主要考虑当代人之间财富分配的公平，而不考虑当代人和后代人之间的公平，新的发展观则要求考虑到“代际公平”。由于上述的差异，现行税制必将按可持续发展观做进一步调整，构建我国绿色税收体系已势在必行。
1.国内外形势的发展要求构建绿色税收体系
（1）社会环境：政府、企业和公民对生态问题的日益重视，科学发展观的提出，新一轮税制改革的推进均为建立绿色税收体系提供了有利的契机。目前我国正处于由“消费型”向“享受型”社会的转化过程中，政府和企业对生态问题日益重视，公民的环保意识和参与环保的程度也有普遍提高，环境立法趋于完善，这为绿色税收体系的建立创造了良好的社会环境。
（2）现实条件：现行税制中具有生态保护效果的税种和税收条款为建立绿色税收体系创造了现实的基础条件。
（3）实践经验：国外一些国家的实践证明，绿色税收是政府调节资源使用，有效治理环境污染，筹集环保资金的重要手段。我国可以充分借鉴发达国家成熟的做法，积极参与国际合作，少走“弯路”。
2.构建绿色税收体系是政府调控生态建设的最佳选择
税收在克服这种以危害自然为表现形式的“负外部性”所导致的边际私人成本和边际社会成本之间的差异时有其特殊优势：
（1）具有环保效应。西方环境经济理论认为，环境资源的公共性和环境污染的负外部性导致了生态问题的“市场失灵”。政府在治理这种市场失灵过程中使用的手段主要有税收、收费和津贴。税收以其固定性、强制性和无偿性的特征把污染者污染环境或浪费资源成本扩大化，使其得不偿失，从而达到节约资源、优化生态环境的目的。
（2）具有财政效应。建立绿色税收体系一方面将收费或行为改为收税之后，税收以其固有的特征可以为生态环境提供强有力的资金来源和财力保证；另一方面，也有利于增强人们的环保意识。
（3）具有公平效应。在绿色税收缺失的情况下，企业间的竞争是不公平的。政府通过征税，把环境污染的外部成本内部化、利润水平合理化，同时会减轻那些合乎环保要求的企业的税负，有利于体现公平原则，促进各类企业之间的平等竞争。
（4）具有贸易效应。加入WTO后，我国将面临更多的绿色贸易壁垒。建立绿色税收体系，一方面促使企业节约资源、控制污染、开发和采用环保产品和环保技术，进行绿色生产。同时用税收优惠等政策鼓励企业治理和控制污染，从而突破绿色壁垒，增加出口创汇；另一方面，可以提高有害环境的产品和技术的输入成本，使其无利可图。
二、我国现行税制的缺陷分析
1.尚未形成绿色税制体系，缺乏全面的提高环境为目的的专门税种。我国现行税制中环保税收主要分散在某些税种中，难以形成整体效应，弱化了税收在环保方面的作用。
2.现有税制中存在对环境具有负效应的税收规定。如我国现行的资源税由于收入大部分归地方，在执行过程中有因为是对使用煤、天然气、石油、盐等自然资源所获得的收益征税，往往起到了鼓励地方对资源过度开发的作用，反而加剧了生态环境的恶化。
3.税、费调节面过窄。现行税制只是在鼓励利用“三废”、限制生产污染、鼓励节能治污、鼓励利用资源和发展环保科技等方面有些单项规定；现行《排污费征收使用管理条例》也只是对排放废气、废水、固体废物和噪声污染征收一定标准的排污费，现行税、费制度基本没有涉及制约散滥开发资源、无偿占有、随意浪费资源以及推进循环经济建设方面的制度规定。
4.调节力度弱化。国外经验已证明，污染治理投资达到超过GDP的1%-1.5%，环境恶化才有可能得到控制，环保状况才能大体保持在人们可以接受的水平上；如果达到2%-3%，环境质量可以得到改善，我国只达到0.93%.近年来我国加大了对环保的投入，1998-2002的五年间，国家累计投资5800亿元用于环保建设，是1950-1997年投资总和的1.7倍，占同期GDP的1.29%，2003年这个比重达到1.39%，但这些投入大多依赖国债资金、世行贷款等完成，若靠现行税费制度是不可能完成的。
5.环保方面的税收优惠缺少针对性、灵活性，影响税收优惠政策实施效果。
三、国外建立绿色税制的经验与借鉴
西方发达国家为解决环境问题，实现可持续发展，提出全面“绿化税制”（GreeningTaxSystem）。税制“绿化”的措施主要体现在两个方面：一是开征各种环境税；二是调整原有税制。
1.开征各种环境税
（1）对废气排放课征的污染税：如美国70年代开征的二氧化硫税，芬兰1990年开征的二氧化碳税，法国、瑞典、西班牙、意大利等国按氮氧化物的排放量征收的氮氧化物税。
（2）对废水排放课征的污染税：如前西德从1981年1月1日起开征水污染税。
（3）对垃圾排放课征的污染税%D%D垃圾税：如挪威1974年开征的饮料容器税，规定对不能回收的饮料容器征收30%的从价税，美国、法国、挪威、澳大利亚等国在轮胎的生产或销售环节征收的旧轮胎税。
（4）对噪音污染征税：如美国征收的噪音税。
（5）对农业污染物征收的污染税。如比利时、芬兰、挪威、瑞典等国都对农药和化肥征收污染税。
2.调整原有税制
（1）对消费税的调整。包括：区分含铅汽油与无铅汽油，调高含铅汽油的消费税税率，鼓励使用无铅汽油；提高污染型能源的消费税率；在原有消费税基础上，对能源另征能源税或能源消费附加税；取消不符合环保要求的税收优惠，对清洁能源减税。
（2）对所得税的调整。对环保投资支出允许税前扣除或给予一定比例的税收抵免；鼓励环保技术的研究、开发；环保设备加速折旧；公车私用的税收措施调整。
（3）对机动车税的调整。征年机动车税时对节能车予以优惠；机动车销售税的税收优惠。
四、借鉴国外经验结合我国国情建立和完善我国绿色税收体系
1.“绿化”现有税种
（1）增强资源税的环境保护功能。一是扩大征收范围，将那些必须加以保护开发和利用的资源也列入征收范围，如土地、海洋、森林、草原、滩涂、淡水和地热等自然资源；二是调整计税依据，由现行的以销售量和自用数量为计税依据调整为以产量为计税依据，并适当提高单位计税税额，特别是对非再生性、非替代性、稀缺性资源征以重税，以此限制掠夺性开采与开发；三是将现行其他资源性的税种如土地使用税、耕地占用税、土地增值税等并入资源税，并将各类资源性收费如矿产资源管理费、林业补偿费、育林基金、林政保护费、电力基金、水资源费、渔业资源费等也并入资源税。
（2）加大消费税的环境保护功能。对污染环境的消费行为，可以通过对企业生产有害环境的产品征收环境保护税和消费税的方式加以限制，鼓励健康性的消费和保护资源环境的绿色消费。对资源消耗量大的消费品和消费行为，如一次性木筷、饮料容器、一次性纸尿布、高档建筑装饰材料等，应列入消费税的征收范围；将导致环境污染严重的消费品和消费行为，如大排量的小汽车、越野车、摩托车、摩托艇应征收较高的消费税；对煤炭、电池、一次性塑料包装物及会对臭氧层造成破坏的氟利昂产品也应列入消费税的征收范围。
（3）增值税、营业税和所得税等税种也应体现促进可持续发展的绿色税收理念。取消企业销售使用过的固定资产免税或低税征收的规定；取消有毒农药、农膜低税率的规定；对经营环境公共设施的企业，在征收营业税、增值税和城市维护建设税方面给与优惠；允许清洁能源企业、污染治理企业、环境公共设施以及环保示范工程项目加速投资折旧。
2.尽早开征环境保护税
借鉴国际经验，要尽快制定《中华人民共和国环境税法》，分期分批开征环保税。首先将对排污的收费改为对污染征税，解决水污染、大气污染；其次是对工业废弃物和城市生活废弃物的征税；最后在时机成熟时对噪音等行为征税。
3.建立“绿色关税”体系
为了有效保护我国可能用竭的资源、改善我国的出国结构、鼓励高附加值的技术密集型产品出国、减少污染产品的进国、增加环境保护资金，应建立绿色关税。绿色关税一般包括出口税和进口税。对进口一些污染环境、影响生态环境的进口产品课以进口附加税，或者限制、禁止其进国，甚至对其进行贸易制裁。
4.尽早开征燃油税
燃油税对实现可持续发展能起较好的促进作用。现有机动车税费结构的存在着严重弊端，即保护浪费、排斥效率，保护落后、排斥先进。主要表现是入门税费过高，运行税费过低。由此造成的后果是消费者追求高排量的机动车，落后车型和超龄服役的车辆难以及时退出，车辆的保养维修不能到位，从而产生目前机动车绝对量不大而污染严重的现象。
5.贯彻绿色税费激励机制
制定绿色税收体系时，对有益于可持续发展的企业和行为要予以支持。如对利用“三废”的生产行业和产品进行的减免税；对生产环保产品的产业给予的政策倾斜，如对无污染的农药、化肥等可采取减免税措施，对无铅汽油可实行较低税率，对达到高排放指标（欧Ⅲ）的小汽车可以实行一定优惠；对从事环保科学技术研究和成果推广进行支持，对单位及个人给予环保的投资、再投资、捐赠予以退税或所得税税前扣除等；鼓励企业防治污染设备加速折旧；对使用环保建材的建筑企业要予以减免税费等。同时，对不利于环保的企业和行为要借助惩罚性的抑制手段。如大排量的小汽车、越野车、摩托车、摩托艇应征收较高的消费税等。
6.适时开征社会保障税
人类的生存和发展是保持社会可持续性发展的前提，而社会保障是需要解决的一个首要问题。因此，适时开征社会保障税，也是绿化税收体系的一个重要内容。
耕地占用税征收条例范文第3篇
一、税收优惠政策支持农业发展的理论依据
所谓税收优惠，是政府根据一定时期内经济与社会发展政策目标，对某些特定的课税对象、纳税人或地区给予税收鼓励和照顾措施。随着市场经济体制改革的逐步深化和完善，税收政策导向对经济增长的影响越来越大，利用税收优惠政策促进农业发展责无旁贷。
1．农业具有公共产品的性质。农业具有良好的外部社会效应性。我国农业是典型的小农生产，和国外农业农场制的生产方式明显不同。国外尤其是发达国家由于地广人稀、产业化水平高等特点，农业具有明显的商业化生产性质。我国农村人口比例大，土地资源稀缺，农产品商品化率低，土地不仅仅只是生产资料，已成为农业生产者生存保障的基础，因而农业承担了一定的社会职能。长期以来，我国工农业“剪刀差”一直存在，农业始终扮演着为工业和城市集聚资本的角色。因此，我国农业具有相当的公共产品的性质，国家应从税收政策等方面给予优惠和支持。
2．税收优惠影响农业技术进步。加快农业发展，最根本是要促进农业科学技术的发展。税收优惠政策对农业技术进步具有促进作用，主要表现在以下两个方面：一是利用税收优惠政策支持农业企业研究开发费用供给。为支持农业技术开发工作，可以将企业用于研究开发的支出看做是企业的一种投资，实行“费用扣除”和“所得税抵免”的双重优惠。二是税收优惠政策可以有效地促进企业承担更大的风险。常见的激励企业承担风险的税收措施有：资本性损失可抵免所得税，允许损失转期，降低资本利得税的税率并对投资于科技开发领域的资金给予特殊的税收优惠待遇等。
3．税收优惠政策影响农业结构调整。中国农村资源短缺，如何将有限的资源，尤其是短缺的资本资源用于农村经济发展的薄弱部门和对经济增长有着整体推动作用的主导产业，如何决定向哪些部门投资，哪些项目应当优先发展，政府部门可根据国家产业政策目标，利用税收优惠政策进行引导。税收优惠政策以其主动、灵活、直接、刚性的调节方式，成为政府调节产业结构和优化资源配置的重要手段。一方面对于制约经济发展的瓶颈产业可给予税收优惠政策倾斜，促使其优先发展；另一方面，可根据产业发展规律和经济发展长远目标，选择主导产业和支柱产业，利用税收优惠政策重点扶植，以推动产业结构的升级。从理论上分析，税收调节产业结构的机制有二：一是实行差别税率或通过税率变动来影响相对价格结构，相对价格结构的变动影响投资结构，进而引起产业结构的变化；二是通过税收优惠的激励措施调节税后投资收益，进而影响投资结构和技术状况来达到调节产业结构的目的。
二、我国现行农业税收优惠政策考察
除农业税废除外，现有税收政策在流转税、所得税、地方税等多个税种对农业发展给予优惠。按照其享受税收优惠的形式，税收优惠可以分为影响应纳税额的税率减免、税收抵免的直接优惠和影响应纳税所得税额的加速折旧、费用加计扣除的间接优惠。一般而言，直接优惠要企业盈利才能够享受，而间接优惠则与企业盈利与否无关，能较好体现政府与企业在技术创新领域风险共担的原则。本文结合财政部和国家税务总局的各种税收条款，对中国现行支持农业发展的税收优惠政策进行分税种、分形式考察，并按时间序列进行分类归纳。
1．支持农业发展的流转税优惠政策。流转税中支持农业发展的税种主要涉及增值税、消费税、关税等，多采用税额减免、税率减免等优惠形式，属于直接优惠，具体优惠措施（限于条款内容较多，本表只归纳了当前影响面比较大的主要优惠政策措施）。
2．支持农业发展的所得税优惠政策。支持农业发展的所得税优惠政策大部分是近几年出台的，税收优惠的形式主要是采用直接优惠，但随着税务管理水平的不断提高和企业会计制度的日趋完善，税前扣除等间接优惠形式也逐渐被应用。税收优惠政策的具体内容（表略）。
3．支持农业发展的其他税种优惠。为支持农业发展，中国在土地使用税、车船税、印花税等税种方面也有一定的优惠，（表略）
三、我国现行农业税收优惠政策存在的主要问题
1.税收优惠难以充分体现对农业的支持。我国农业税收优惠政策不少，对农业产前、产中、产后和涉农企业都规定了减免税优惠，这在一定程度上减轻了纳税人税收负担。但有些优惠政策并未充分体现对“三农”的支持。第一，增值税条例对“农业生产者销售自产农产品免征增值税”。由于农业产品的需求弹性小，增值税很容易转嫁，因而对销售自产农产品免征增值税，实际上是对农产品消费者的一种税收优惠，并非对农业生产者的免税照顾。第二，国家对农业生产资料给予减免增值税政策，政策初衷是为了照顾农民利益，减轻农民负担，但实际上真正获利的是生产厂家或经销商，生产资料水涨船高，农民并没有真正得到实惠。第三，农民购进农业生产资料所包含的增值税进项税款不能在销售农产品时得到抵扣而是由农民自己承担。据测算，农民购置农业生产资料的增值税税收负担率平均为农产品总产量的7.8%。在农产品总产量中，能够真正成为商品进入流通领域的仅占35%~40%。即使按40%计算，将农民购进农业生产资料负担的7.8%的增值税税款换算成销售农产品的商品所不能抵扣的增值税进项税金，则税负达19.5%（7.8%÷40%），比一般货物的增值税的税率还要高出2.5个百分点。农民从事农产品生产实际承受了比一般加工品生产还要高的增值税税负。第四，在车辆购置税方面，除个别车型外，农民从事农业生产购置的农用运输车需要缴纳车辆购置税；农民在生产过程中使用的载货机动车船、人力或畜力非机动车船还须缴纳车船使用税。这势必降低农民对农用车辆的购买需求。第五，对农村电管站在收取电价时一并向用户收取的农村电网维护费免征增值税，对农业发展和农民增收并无实际意义。
2.税收优惠形式单一。目前针对我国农业发展的税收优惠形式主要是税收豁免和优惠税率等直接优惠，使得优惠政策对农业的照顾作用远大于鼓励作用。在涉农企业所得税税收优惠中，大多是以定期减免税的直接优惠方式为主，加速折旧、投资抵免等间接优惠方式较少运用。不利于农业企业利用税后利润来进行资本积累，完成产品结构调整和扩大再生产。单一的税收优惠虽然可以在一定程度上减轻纳税人的税收负担，但不利于农业及涉农企业的投资增长和技术进步，也不利于农业生产规模化、产业化发展，缺乏政策导向作用。
3.税收优惠环节不全面。现行税优惠政策主要集中在农业生产环节，农产品储运、保鲜和深加工环节的优惠较少。在加工环节，税收政策对农产品简单加工免征增值税、农产品初级加工免征企业所得税，没有形成从种养、加工、销售环节全程渗透激励机制。而农业产业化是一条从种（养）植、收购、初加工、深加工直至营销的链条。税收优惠环节不全面，一方面导致税收优惠政策割裂了生产与前后环节平衡连续性，没有激励从农产品的初加工向深加工转变和传统规模型增收向科技创新型转变的机制，也相应提高了农业产业化企业的税负。另一方面会导致税负不均，目前农产品收购环节增值税进项抵扣率为13％，而销售环节增值税率为17％，考虑到抵扣是按买价直接乘以13%，因此二者“高征低扣”相差1．5％左右，再加上农产品加工企业基本为劳动密集型企业，本身风险很大，产品利润少，农产品加工企业增值税实际税负过高。三是有失公平。现行增值税政策对从事种植、养殖并实行深加工的增值税一般纳税人来讲，主要原材料为自产不是外购，无法取得进项税额，从而造成税负畸重，不利于农业产业化经营。同专业化生产企业可按购进农产品依13％扣除率抵扣进项税额相比，税负不公平。
4.税收优惠范围较窄。第一，我国税收政策往往只对部分农产品实施优惠，而且一般只针对特定的初级农产品。初级产品是指种植业，养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。这割裂了农业产业链条的连续性，使农业加工企业被迫采取变通做法，人为割裂生产前后环节平衡连续性，增加了社会成本。而WTO所指农产品既包括上述初级产品，还包括以农产品为原料的加工品（如啤酒、葡萄酒、奶粉、奶制品、食糖等）。第二，新《企业所得税法》实施后，免征企业所得税政策推广到大部分农业企业，但对花卉、饮料作物、香料作物的种植和养殖业特别规定减半征收企业所得税，而这些产业都是农业领域前景无限的阳光产业。第三，对土地承包经营权的流转，除了农村、农场和农民个人将土地承包（出租）、转让符合条件的给予免征营业税外，采取互换、拍卖等形式流转土地承包经营权的，税收上尚未明确。第四，对个人来源于农业企业等投资分红收益，按现行政策规定须缴纳个人所得税，挫伤了投资者投资的积极性。第五，缺乏对农村新兴产业的营业税优惠政策，如观光农业等。
5.税收优惠政策不利于农民专业合作社发展。我国农业生产规模小、数量大、经营分散，小农户与大市场的矛盾突出，制约着农村经济发展。农民专业合作组织可以在小农户和大市场之间起到连接纽带作用，提高农业生产的规模化，有效解决农民增收、农产品增值问题。但目前我国对农业专业合作组织的税收扶持政策并不到位。第一，优惠范围窄。现行支持农民专业合作社发展的税收优惠政策主要体现在农业生产、加工、流通和服务等方面，但范围过窄，力度不够，对合作社成员之间开展培训、技术、信息、认证等服务的税收优惠政策还是空白。第二，在农民专业合作社税收优惠政策上，没有对农民个人减免的税收优惠政策，不利于提高农民入社的积极性。第三，对农民专业合作社取得的社会力量捐赠、收入、政府资助等没有规定是否免税。第四，对社会力量向农民专业合作社提供服务，在企业所得税和个人所得税税前列支受到严格的政策限制。第五，对农产品主要销售者———农村经纪人没有优惠政策。
6.农产品出口退税率偏低。目前，我国农产品出口退税率实行5%为主、13%为辅的两档退税率，不仅低于一般发达国家水平，而且比国内其他出口行业平均15%的出口退税率也要低。这使得大部分农产品的出口价格中包含尚未退还的间接税，增加了农产品出口成本，削弱了农产品出口的价格竞争力。据了解，国家在2008年之前取消了给小麦、稻谷、大米、玉米等品种支付的13%的出口退税，部分品种甚至还增加了出口关税。此外，中国出口退、免税的税种只有增值税和消费税，随同增值税等三税征收的城市维护建设税等实质是增值税等的附加税，目前并不在退税之列。
7.税收优惠政策有失公平。（1）目前许多税收优惠政策存在城乡差异，有失公平。比如劳动就业服务企业减免税政策、再就业税收优惠政策、军队退役干部就业税收政策只局限于城市失业或就业人员，农村人员不能享受，在税收政策上没有体现出农村与城市、农业与工业、农民与工人之间的平等。吸纳下岗职工的企业享受税收优惠政策，不包括农业企业和乡镇企业。农业产业化企业也是劳动密集型的企业，却没有同等的税收政策扶持，显示出城市与农村、农业与工业、农民与工人的不平等性。（2）新改革的燃油税没有很好地顾及到农村。中国燃油税改前，农机用油没有税收压力，不需要缴纳养路费，享受免费过路、过桥的优惠政策。燃油税改后，农机用油也缴燃油税，其中包含养路费和部分过路过桥费等。这使农业机械作业成本大幅度增加，加重了农民的生产负担。国外实现农机化的国家普遍实行农机用油免税政策，农机供油征税明显不合理。（3）人民生活水平的不断提高，一些原先属于高档消费品的商品已成为普通消费品。如摩托车现在已成为大众化的交通运输工具，2/3的消费群体在农村，普遍将摩托车用于生产运输。消费税税目调整的滞后性影响了对这些商品的消费。
四、优化中国农业发展税收优惠政策的建议
1.完善增值税优惠政策。（1）对农户购入农用机械、种子、化肥等农业生产资料时，依据取得的收购凭证、普通发票或其他合法销售凭证，对其所含的进项税额实行退税。（2）对从事农产品加工的一般纳税人企业，不论规模大小、不论加工程度深浅，其增值税销项税率均降为13%。（3）对种养、加工、销售一体的企业给予一定期限增值税全免或全退，并对其长期给予低税率的政策鼓励，将税收优惠政策从注重生产向加工、销售转变，刺激农业投入和产业链的延伸，提高农业产业附加值。（4）对农业专业合作组织为农业生产提供的服务性收入免征营业税，统购统销的行为视同农业生产者给予免征增值税或即征即退政策。（5）扩大农产品初加工范围，对没有纳入农产品初加工范围的初加工项目或不合理的项目重新界定。
2.完善所得税优惠政策。（1）为支持农村中小企业发展，在费用扣除方面，对种植业、养殖业的科研费用，可全额从收入中扣除；对一些科技含量较高或价值较大的机器、设备折旧采用加速折旧法，以促进农业生产向科技化、现代化方向发展。（2）对农村兴办的农产品经销组织暂免征收企业所得税；对农村各类经济实体、社会中介机构举办的农民职业技能、教育培训，免征所得税。（3）对农民专业合作社从事生产、农产品流通、初加工，提供农业技术、培训、信息、仓储等服务所得收入免征企业所得税；对农民专业合作社成员的股息、红利、盈余返还等免征个人所得税（4）对个人来源于农业企业等投资分红收益，免征个人所得税；对农民和其他个人从事种植业、养殖业、饲养业和捕捞业所取得的收入免征个人所得税；对农民工打工收入免税，对农村村民、或者在农村村组投资经营的小规模纳税人免征个人所得税；对各级政府和部门给予农村科技人员的个人奖励，免征个人所得税；凡在从事农村义务教育工作的人员的收入全部免征个人所得税，对农村义务教育工作者在衣、食、住、行等方面均可酌情给予一定的税收优惠照顾。（5）对农民专业合作取得的政府资助、社会力量捐赠、收入给予免税；对企事业单位、社会团体和个人等社会力量向农民专业合作社的捐赠支出，在缴纳所得税时全额扣除。（6）对农业产业化企业吸收农民就业的享受劳动就业服务企业税收优惠政策，对农民进城从事第三产业的享受下岗再就业税收优惠，鼓励农民走集约化和产业化之路。（7）对外发包的基础设施工程项目，如农村住房、公路、电信和供电、沼气、饮水、水利等，对取得此类建筑安装工程收入的施工单位和个人，可减征所得税。（8）对农村信用社向农业贷款收入给予减免所得税的优惠；对商业银行涉农贷款利息收入免征企业所得税。（9）对集体和个人投资开发荒山荒地造林，前三年内免征各种税费；对固定资产投入可免税和采用加速折旧法；经营亏损可享受延转期摊销；如遇自然灾害的年份，可享受递延纳税甚至减免税。（10）鼓励各类经济实体参加农村基础设施建设，改善农村居民生存环境。凡从事农村住房、公路、水利、饮水、沼气、电信和供电等基础设施建设的，第一年至第二年免征企业所得税、第三年至第五年减半征收企业所得税。