新农村建设面临的社会问题
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集体经济告急，近1／3已资不抵债
总体上看，村集体经济实力相差悬殊，多数村庄的集体经济收入微薄。有将近一半的村庄集体收入还不到5万元，而低于10万元的占到近60％。另外，收入高于50万元的村占22.6％，高于100万元的村占到16％。村级集体经济收入的平均值为190.8万元，剔除少量超过1亿元收入的特殊样本，平均水平为79.2万元。
分地区来看，东、中、西部集体经济实力差距明显。西部、中部各有91.4％、75.9％的村庄收入在10万元以下，而东部有近60％村庄集体收入在10万元以上，其中有33％的村庄超过了100万元，而在西部和中部只有3.9％和1.2％的村庄能达到这一水平。
同样的情况也体现在与收入相对应的支出上。所有被调查村庄中，集体支出在1～5万之间的频率最高，为31.1％。其中，东部有61％的村庄支出在20万以上，而中部和西部分别只有11.7％和5.6％。东部有三成村庄的支出超过50万，而中、西部却不到1％和3％，差异明显。
大量的村集体支出用在了公共建设和管理费用上。其中，前者占42.5％的比重，中西部地区这一支出的比例都超过了50％。管理费用则占20％～50％。管理费用中又以村组干部工资占比最重，达61.7％。调查村庄中村干部年平均工资为8714元。
令人吃惊的是，调查村庄中有32.9％的村庄资不抵债。净资产处于－10～0万元之间村庄比例为21.9％，处于0～10万元、10～50万元、50～100万元、＞100万元的村庄比例分别为18％、16.8％、7.2％和25.1％。
从负债资金的使用结构看，1710个村庄回答了村庄负债使用的问题，村庄负债资金最主要的用途是公共基础设施建设。东部地区负债资金用于办企业的比重明显高于西部地区。中西部地区负债资金用于教育支出的比重很高。中部地区村庄负债用于支付干部工资和上缴税费的比重最高。
农民收入差距悬殊，增收困难
地区之间农民收入差距悬殊。调查村庄农民人均纯收入水平达到了3823元，高于2005年全国的平均水平。从收入分组情况来看，收入水平在2000～2999元的村庄比重最高，达22.01％，近一半的村庄农民人均纯收入低于3000元。
分地区来看，中部和西部地区农民的人均纯收入都远低于东部地区，分别是东部地区人均收入的47.14％和33.09％。贵州安顺市农民的人均纯收入只有997元，不到全国水平的1／3。而东部的苏州市，农民人均收入为8797元，超过全国水平的2倍，是安顺的8倍。
农资价格过高、缺乏资金与技术制约了农民增收。农资价格偏高是农民增收难的最突出原因。2491份村庄有效问卷中农民对增收困难的原因选择情况，排在首位的是农资价格过高，选择此项的村庄比例接近70％。选择缺乏资金与缺乏技术两项的比例接近50％，分别排第二和第三。
此次调查的村庄中，有47.3％的村庄认为当地农民收入难以提高的重要原因是“缺乏资金”，说明很多农户都有很强的资金融入需要。
社会保障堪忧
中部扶贫工作最差。调查样本共有103962户贫困户，“贫困发生率”(贫困户／总户数，下同)为7.55％。
调查发现，地区之间贫困发生的原因各不相同。在调查的村中，中西部地区“因上学致贫”最多，东部相对较少，表明中西部教育负担最重，东部教育负担能力相对较强；东部“因病致贫”最多，表明医疗负担均较重；“因残疾致贫”东部最高；中西部“因经营致贫”比东部分别高出3.3和2.23个百分点，表明中西部农民应对市场风险能力欠佳。
调查村庄中接受救济的贫困户数为52993户，“贫困救济率”为50.92％，贫困救济标准从每月最低的2元钱(河南、湖南、甘肃共5个村)到最高的531元(上海市朱泾镇温河村)，平均为57.68元。
中部地区贫困救济率最低，村级扶贫工作最需要加强。在调查的村庄中，近一半的贫困发生在西部地区；贫困救济率中部最低；救济标准东部最高，是西部的3.89倍，是中部的6.41倍，表明中部地区扶贫工作最差，但即使在东部，仍有高达32.79％的贫困人口未获救济。
看病难、看病贵。农村医疗资源严重匮乏。
农民对实行新型合作医疗积极性高的村占82.1％；有69.9％的村认为实行新型合作医疗能解决农民看不起病或因病致贫问题。
调查中74.9％的村庄开展了新型合作医疗。东部地区92.6％的村庄开展了新型合作医疗，明显高于中部65.8％和西部58.3％的水平。
教育负担大大减轻，教学质量成为问题。“两免一补”政策的逐步实施，大大减轻了义务教育阶段农村家庭的教育负担。调查中，已有45.4％的村实行了全部免杂费。
教学质量已经成为农村居民教育方面担心的首要问题，有76.9％的村认为新农村建设在教育方面最应该尽快解决的问题是保证教学质量，有23.7％的村认为应该通过加强教师培训来解决这一问题。优势教师资源过度向大城市和发达地区集中，而农村仍然依赖着大量代课教师来满足教育教学需求。