运用税收政策推动自主创新
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提高自主创新能力、建设创新型国家已成为我国经济社会发展过程中一项迫切而重大的任务。
据统计，我国共有科技税收优惠政策9类37项。税收作为国家宏观调控经济的一种手段，通过实施税收优惠政策，在推动社会科技进步和调动广大科技人员从事科学研究、技术开发的积极性中起到了重要作用，它为科技事业的发展创造了宽松的税收环境，为我国的经济发展做出了巨大贡献。
但是，与实现创新型国家的迫切要求，与国际上一些国家鼓励企业自主创新的税收优惠相比，我国现行的科技税收优惠措施力度还不够，有待进一步改进和完善，如优惠政策存在所有制和地域差异，优惠方式较为单一，所得税优惠重结果轻过程，流转税优惠政策不足等等。因此，需要进一步提高我国自主创新能力的税收作为。
完善流转税制度
要重点完善现行增值税制，要率先在高新技术产业实行消费型增值税，允许抵扣当年新增固定资产或新增固定资产中机器设备所含的进项税金。在增值税制未能转型之前增加特定扣除项目条款，对高新技术企业购进的固定资产所含税额特许适当抵扣，并将企业取得的（包括自行开发和购进的）“特许权使用费”、“技术转让费”等比照“农产品”、“交通运输费”所含税额按照一定的比例允许扣除。
扩大按一般纳税人征收的比重。从事工业生产加工和经营生产资料的科技型中小企业，凡生产场所比较固定，产销环节便于控制，能按会计制度和税务机关的要求核算销项税额、进项税额和应纳税额的，都可核定为增值税一般纳税人。从事科技新产品经销年销售额未达到180万元的中小企业，如会计核算健全，能够提供准确税务资料的，经批准也可核定为增值税一般纳税人。
适当提高科技型小规模纳税人的起征点，考虑到我国幅员辽阔、中西部地区与沿海地区经济水平相差悬殊，可以授权省、市、自治区根据当地实际情况在规定的幅度内自行决定。
进一步调低科技型工业小规模纳税人的征收率，建议调整为4％，促进科技型小规模纳税人生产经营的正常发展。
改革所得税制度
企业所得税方面：一是加快统一内外资企业所得税的步伐，降低内资企业所得税负，取消外资企业所得税诸多优惠，取消区域优惠政策，着力鼓励高新技术产业，可以在一段时期内免征高新技术企业的所得税。二是建立高新技术准备金制度。对目前规模虽小，但有科技发展前途的企业，允许其按销售收入的一定比例在税前提取科技发展准备金，同时限制该准备金在一定时间内（3―5年）用于研究开发、技术更新和技术培训等方面，对逾期不用或挪作他用的，应补缴税款并加罚滞纳金。三是加大投资抵免力度。如投资新办科技企业可以获得投资额部分比例的税收抵免；建议取消现行税法中“盈利企业”和超额扣除应税所得额“为限”等作法，提高企业研究开发费用抵缴所得税的比例；对科技型企业购买新的资本设备，还可考虑规定一定比例直接抵扣当年的应付税款；对科技型中小企业用税后利润进行研发再投资，给予一定比例退税的支持，准许企业投资的净资产损失可以从应税所得额中扣除。四是放宽费用列支标准。对高新技术企业使用的仪器设备等固定资产全面实行加速折旧，甚至在正常比例以外，对固定资产使用的头几年实行特别折旧扣除；同时，在物价上涨时，对上述固定资产原价按物价指数进行调整。五是降低科技型中小企业的所得税税率。建议年应税所得额在30万元以下的中小企业，适用20％的优惠税率；年应税所得额在10万元以下的中小企业，适用10％的优惠税率。
个人所得税方面：对高新技术成果完成人和从事成果产业化实施的科技人员、管理人员应给予更多的税收优惠；对科技创新的劳务报酬所得及资本所得，在提高起征点的同时减半征收个人所得税；来华开展科技创新的专家，其附加减除费用予以增加，税率予以减半。
运用关税实施激励
完善和调整与关税相关的税收优惠政策。对国内生产企业为开发、制造重大技术装备而进口的部分关键配套部件和原材料，免征进口关税(或实行先征后返)，进口环节增值税先征后返。认真落实《国家中长期科学和技术发展规划纲要》，对承担国家重大科技专项、国际科技计划重点项目或国家重大装备研发项目的科研单位或企业制定专项进口税收优惠政策，主要包括对该类科研单位或企业进口国内不能生产的关键设备、原材料及零部件给予进口税收优惠待遇。
运用关税政策转变税收优惠的重心。逐步从对进口整机设备的优惠，转变到对国内企业开发具有自主知识产权产品、装备所需重要原材料、关键零部件的优惠上来。
利用关税政策引导外资投向。逐步缩小内外资企业在进口税收优惠上的差距，利用进口税收政策引导外商投资企业将资金投入到高新技术、现代农业、环境保护等符合科学发展观的领域中去；鼓励外商投资企业延伸产业链条，加大对国家鼓励产业的核心零部件制造领域的投资；鼓励外商投资的加工贸易企业，将技术水平高、增值含量大的生产环节转移到中国。
健全有利于自主创新的税收征管制度
实行科技创新项目立项登记制度。税务部门要与科技管理、贸工等部门协作，强化科技项目的跟踪管理，认真检查、督促企业所享受的税收优惠是否真正用于科技创新事业，从而确保税收优惠政策实施效益的最大化。
建立科技创新税收优惠特别申报机制。采用简单有效的反分割规定，防止公司为了获得针对小企业的额外优惠税率或其他优惠而人为将企业实体分为若干部分；对将增加的R&D支出从正常年度支出中分离，再延时申报的做法，要采取特殊的申报管理规定，防止企业利用不正当的手段骗取R&D的税收优惠政策。
加强对高新技术产业税收优惠的评估考核。实行科技创新成果的验收、鉴定制度，税务部门应会同科技创新行政主管部门，对税收优惠政策的落实情况进行定期评估考核，对曾被认定的科技创新企业，如其不再从事科技创新事业，应立即取消其税收优惠，并责令退还所享受的优惠，甚至视同漏税行为予以严惩。
实行税收优惠落实的分析制度。建立统计档案，汇总纳税申报的有关信息，统计各种税收优惠手段的数据，为建立分析模型提供数据源。要建立一套科学的监测评价指标体系，对一定时期一个地区或某一纳税人税收优惠政策执行情况进行评价分析，监督政策的实施效果，减少税收政策的损失。
优化方便创新企业纳税的服务体系
要优化办税流程，开辟办税直通车，印制科技企业绿色档案包，凡受理绿色档案包优先办理。简化申请税收优惠的形式和程序，减少办税成本，为首次申请税收优惠的企业开发一套电子咨询系统，采取包括在线申请、特别热线、一站式服务等在内的服务举措。
要积极完善信息提供机制，通过开办公共政策研讨班、增加服务热线咨询员、与产业联合会进行合作、把科技税收优惠政策汇编成册以及在网站上设立专栏等，增强税收激励政策的透明度与可用性。此外，大力发展税务市场等科技中介服务机构，将帮助企业享受有关政策、办理有关手续作为一项重要的工作内容。
要大力完善电子税务系统，实行计算机审计制度，为科技创新企业会计核算的无纸化创造条件。实行电子申报制度，使科技创新企业通过网络完成税务登记、税务申报、税款划拨等业务，并可查询税收公报、税收政策法规等事宜，既方便了企业，也减少了政府的开支。（作者系深圳市国家税务局党组书记、局长）