转基因商业化是一场灾难
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转基因农业发展呈现出难以阻挡的势头，但对转基因技术的指责却从未消失。
目前，转基因作物目标都是提高抗（虫、病、逆境等）性减少田间管理集约经营，但正是这些抗性基因成为环境污染源并带来未知危害，且已有证明对人体的危害。
“虽然目前无法下结论说‘转基因食品有毒害’，但转基因食品缺乏长期安全性评估，潜在的风险不可预知。”一位生态安全专家对记者说，转基因作物一旦出现什么危害，会对生态系统造成不可逆转的影响，对生物多样性造成严重的伤害，不像化学污染可以清除。
当基因成为一项工程
“基因”是英文“gene”的中文音译，是“基本因子”的意思，为一小段DNA。通过这一段东西可以制造出各种蛋白质，比如说行使各种功能的酶。通过这些蛋白质进行各种反应，完成生命过程。这就很容易能理解各种遗传现象了，比如儿子为什么会长得像父母，是因为儿子身上继承了父母的基因（但不完全相同，因为除了父亲的基因还有母亲的基因，所以都有些像，或相貌、或性格、或其他的）。
不同的生物体所拥有的基因数目也不同，比如说人的基因据估计有10万个以上，而有的微生物则只有不到100个。
既然基因这么重要，那么人们很快就想到利用基因为人类服务了，于是，“基因工程”就应运而生了。谈到“工程”，人们很容易联想到建房子之类的事情，实际上这种联想非常正确，只不过这里建的不是房子，而是新的生物体，用的不是砖瓦，而是基因。简单地说，基因工程就是利用对基因的操作来改变生物体的生物性状，以达到更好地为人类生活服务的目的。比如说，小麦中赖氨酸含量较低，而赖氨酸对人体来说是必需的，于是在做面包时要外加一些氨基酸。有没有一劳永逸的解决办法？那就要靠基因工程：找到一个可以制造富含赖氨酸蛋白质的基因，将之转到小麦基因里去，这样小麦中就会因为有这个外来的基因而制造出很多富含赖氨酸的蛋白质来，这种面粉做的面包就不会缺赖氨酸。
应该说，基因工程为人类的生活描绘了一幅美好的前景图画。但是，万事有其利则有其弊，其潜在危险也是很大的。
虫子都不吃，人怎么能吃
说到转基因食品，人们很容易想到影片《人类之子》：如果转基因食物泛滥，人类真的会因为不育和基因突变带来的疾病而走向灭亡吗？
没谁知道。但转基因的毒性确实是一个问题。对于前几年湖北一些农村私种的转基因“抗虫稻”，中国著名植物学家、中国科学院博士生导师蒋高明问了一个最浅显的问题：“昆虫都无法下口的转基因抗虫水稻，对人体就没有害处吗？”
蒋高明说，转基因作物对人体的影响，即使老鼠吃了没事，也不能说明人吃了也没事。即使对实验动物，也不是没有问题的。1998年，英国科学家普兹泰发现，用转基因土豆喂养的大鼠严重损害内脏和免疫系统。2006年，俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜・艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后头三个星期死亡，是没有食用转基因大豆老鼠死亡率的6倍。2007年，法国科学家证实，孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米，小白鼠的免疫系统会受到损害……
研究学者指出，因为现今科技发展水平有限，人类对基因的活动方式了解还不够透彻，没有十足的把握控制基因重组后的结果，如果所使用的DNA取自一些携带病毒、细菌或抗生素的动植物，可能引发出许多不知名的疾病。德国报道过转基因猪的情况，转基因猪虽然比正常猪大一倍，出肉量也多一倍，但都百病缠身，患有胃肿瘤、肺炎、心力衰竭和关节畸形。
“疯牛病”是另一个鲜活的警示。起初人们认为将动物骨粉和脏器经过高温消毒后作为畜用饲料是安全无害的，但若干年后突然冒出一种不受核酸控制、不怕高温灭菌、可以传染的“疯牛病”蛋白质因子，导致多人死亡。
“疯牛病”从某种程度上说明生物的复杂性和不确定性，即便在短期内有翔实的证据证实某种因素不会对人类和环境造成不利影响，但不代表以后的某个时期它就不会突然造成一些无法预料的灾难性后果。
破坏原有生态平衡
转基因作物可能破坏环境生态的平衡，也是反转基因人士广泛质疑的一点。
例如，在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一次实验室研究中，一种蝴蝶的幼虫在吃了含杆菌基因的马利筋属植物的花粉之后，产生了死亡或不正常发育的现象。
还有，生物学家们担心为了培养一些更具优良特性，比如说具有更强的抗病虫害能力和抗旱能力等，而对农作物进行的改良，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种，从而带来生态灾难。这种现象也已发生很多。加拿大转基因油菜多年种植后，因发生基因漂移，产生了能够耐受多种除草剂的超级杂草；墨西哥农民种植的美国转基因玉米，其花粉对当地野生玉米发生了基因污染，产生基因重组，破坏了当地野生玉米的遗传结构。
专家指出，基因污染是比化学物质污染更难以对付的污染，因为化学物质随着时间的推移会不断降解，但是转基因不行，转基因污染不像化学污染那样在短期内可以消失。
而且，转基因种子的高抗性也是不稳定性的。《21世纪经济报道》2009年9月30日报道，江苏省转基因棉推广进入第5个年头后，曾因转基因“优势”而产生的“增量”随时间延长被消耗殆尽，转基因棉花退化于2009年集中爆发，除了产量下降外，其质量也出现了严重下降，表现尚不如普通棉。
另据2006年8月4日中国科学院官方网站所消息，中美两国科学家进行的一项历时7年的联合研究表明，尽管Bt转基因棉花能有效控制棉铃虫，但长期种植会导致其他害虫肆虐――治了棉铃虫，却引来更多的其他虫。
社会为私企担风险
除了高抗性，推广转基因作物的另一大理由是可以大量增产。但现在看来并非如此。
“转基因作物能不能增产，看美国的例子就知道了。”蒋高明说，美国是掌握转基因技术最早、最多的国家，其技术远比中国先进，但该国粮食总产量仅3.63亿吨，远低于中国的5.01亿吨；中国粮食单产为278公斤/亩，美国只有125公斤/亩。美国拥有全球最先进的农业技术包括转基因技术，耕地还比中国多11亿亩，为什么其粮食无论单产还是总产，反而不如中国呢？答案就在于“人”身上而不在“武器”身上。
蒋高明说，国内转基因的专家声称，他们的转基因水稻能够在现有的基础上提高产量8%。这个增产幅度相对于其巨大的生态风险是可以忽略不计的。因为从土壤改良上，增产的潜力更大。
联合国生物安全专家，拥有美国和新西兰两国国籍的杰克・海勒曼博士（Jack Heinemann）在接受《望》新闻周刊采访时，则认为转基因作物在社会层面的价值很小，转基因生物商业化将会是一场灾难。
海勒曼说，由联合国和世界银行共同支持的国际农业发展科学与技术评估机构已做了大量工作，并发现转基因作物在社会层面的价值很小。原因或者是由于作物本身的特性，或者在于背后掌控转基因专利权的西方跨国集团。巨大的利润落入了私人公司的腰包，而要全社会来为其风险买单。“跨国公司已经准备好将利润凌驾于食品安全之上，商业资金正在以惊人的速度分化和重组科研团队。不少政府越来越将研究经费和产业目标挂钩，而一些原本公立的研究机构也从商业利益的角度来定义成功。面对科研团体和商界之间强有力的结盟，科学家们正在学会保持沉默，或者沦为摇旗呐喊者。”
海勒曼还指出：“真正的问题不是我们需不需要转基因作物来养活地球，而是如果我们继续接受转基因作物和背后的社会经济制度，我们还能不能养活地球？假如说没有转基因作物，人们就会挨饿的话，那么今天人类早就该灭绝了。如果想让生物工程技术真正造福于民，我们就必须改变目前利用遗传工程的方式和原因，特别是现有的商业模式。”